Video: Co je indexový soubor BAM?
2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Naposledy změněno: 2023-12-15 23:44
A BAM soubor (. bam ) je binární verze SAM soubor . SAM soubor (. sam) je text oddělený tabulátory soubor který obsahuje data zarovnání sekvencí. Indexování : IGV vyžaduje, aby SAM i soubory BAM být seřazeny podle pozice a indexováno , a to indexové soubory dodržovat specifickou konvenci pojmenování.
Podobně se lidé ptají, jak mohu otevřít soubor BAM?
z Soubor menu vybrat Otevřeno a vyberte soubory BAM z levé strany. Vyberte tlačítko vpravo, které říká Přidat a BAM soubor . Přejděte na BAM Test Soubory složku, kterou jste stáhli, vyberte pomocí_index_with_graph. Klikněte Otevřeno , vyberte mapu.
Za druhé, jak převedu soubor BAM na Fastq? Níže jsou uvedeny kroky pro převod souboru BAM do formátu FASTQ. To bude fungovat na Linuxu a bude vyžadovat SAMTOOLS a BEDTOOLS
- Stáhněte si SAMTOOLS.
- Extrahujte pomocí příkazu tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
- Vytvoří složku s názvem samtools-version.
- Přesuňte se do adresáře cd samtools-version.
Podobně, jak převedu soubor BAM na soubor SAM?
Na převést SAM na BAM , použijeme příkaz samtools view. Musíme specifikovat, že náš vstup je in formát SAM (standardně očekává BAM ) pomocí volby -S. Musíme také říci, že chceme, aby výstup byl BAM (ve výchozím nastavení produkuje BAM ) s volbou -b.
Co dělá zobrazení Samtools?
Samtools je sada nástrojů, které manipulují se zarovnáními ve formátu BAM. Importuje a exportuje do formátu SAM (Sequence Alignment/Map), dělá řazení, slučování a indexování a umožňuje rychle načíst čtení v libovolné oblasti. Samtools je navržen pro práci na streamu.
Doporučuje:
Jak vytvořím indexový skript na serveru SQL Server?
SQL Server příkaz CREATE INDEX Nejprve zadejte název indexu za klauzuli CREATE NONCLUSTERED INDEX. Všimněte si, že klíčové slovo NONCLUSTERED je volitelné. Za druhé zadejte název tabulky, pro kterou chcete vytvořit index, a seznam sloupců této tabulky jako sloupce klíče indexu
Je soubor TIFF vektorový soubor?
TIF – (nebo TIFF) je zkratka pro Tagged Image File Format a je to velký rastrový soubor. Soubor TIF se primárně používá pro obrázky při tisku, protože neztrácí informace ani kvalitu jako JPEG. Jedná se o vektorový soubor, který může obsahovat text i grafiku a ilustrace
Jak převedu soubor oddělený tabulátory na soubor csv?
Přejděte do nabídky Soubor, zvolte 'OpenCSVTab-Delimited File' (nebo jednoduše stiskněte Ctrl+O) a poté v otevřeném dialogovém okně vyberte soubor oddělený tabulátory, který chcete otevřít. Řetězec oddělený tabulátory můžete zkopírovat do schránky a poté použít možnost „Otevřít text ve schránce“(Ctrl+F7)
Jak změním soubor a.TXT na soubor a.bat?
Můžete je otevřít pomocí textového editoru, jako je například Poznámkový blok, ačkoli a. bat může být nutné kliknout pravým tlačítkem a potom zvolit možnost Upravit místo Otevřít (Otevřít znamená spustit kód v souboru bat). Můžete „Uložit jako“v textovém editoru, jako je Poznámkový blok, v obou formátech, explicitním zadáním přípony
Co je transakční soubor a hlavní soubor?
Definice: transakční soubor. transakční soubor. Soubor transakčních záznamů. Soubory datových transakcí slouží k aktualizaci hlavních souborů, které obsahují údaje o subjektech organizace (zákazníci, zaměstnanci, prodejci atd.)